Kerajaan Islam di Indonesia diperkirakan kejayaannya berlangsung antara abad ke-13 sampai dengan abad ke-16. Timbulnya kerajaan-kerajaan tersebut didorong oleh maraknya lalu lintas perdagangan laut dengan pedagang-pedagang Islam dari Arab, India, Persia, Tiongkok, dll. Kerajaan tersebut dapat dibagi menjadi berdasarkan wilayah pusat pemerintahannya, yaitu di Sumatera, Jawa, Maluku, dan Sulawesi.

Periode tahun tepatnya kerajaan-kerajaan Islam di Sumatera masih simpang siur dan memerlukan rujukan lebih lanjut.

• Kesultanan Perlak (abad ke-9 - abad ke-13)
• Kesultanan Samudera Pasai (abad ke-13 - abad ke-16)
• Kesultanan Malaka (abad ke-14 - abad ke-17)
• Kesultanan Aceh (abad ke-16 - 1903)
• Kerajaan Melayu Jambi
• Kesultanan Johor-Riau

Kerajaan Islam di Jawa

• Kesultanan Demak (1500 - 1550)
• Kesultanan Banten (1524 - 1813)
• Kesultanan Pajang (1568 - 1618)
• Kesultanan Mataram (1586 - 1755)
• Kesultanan Cirebon (sekitar abad ke-16)

Kerajaan Islam di Maluku

• Kesultanan Ternate (1257 - 1583)
• Kesultanan Tidore (1110 - 1947?)
• Kesultanan Jailolo
• Kesultanan Bacan
• Kerajaan Tanah Hitu (1470-1682)

Kerajaan Islam di Sulawesi

• Kesultanan Gowa (awal abad ke-16 - 1667?)
• Kesultanan Buton (1332 - 1911)
• Kesultanan Bone (abad 17)

Kerajaan Islam di Kalimantan

• Kesultanan Pasir (1516)
• Kesultanan Banjar (1526-1905)
  • Kesultanan Kotawaringin
  • Kerajaan Pagatan (1750)
• Kesultanan Sambas (1675)
• Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura
• Kesultanan Berau (1400)
  • Kesultanan Sambaliung (1810)
  • Kesultanan Gunung Tabur (1820)
• Kesultanan Pontianak (1771)
• Kerajaan Tidung
• Kesultanan Bulungan(1731)